Миссии уровня B поручаются Чунинам и Джонинам-специалистам. Они также включают в себя работу в качестве телохранителя, сбор необходимой информации, а также убийство других ниндзя. Как правило, эти миссии не предполагают большого числа сражений с высококвалифицированными противниками. Примером миссии уровня B служит охрана Наруто и его друзьями Морино Идате во время марафона.